Mientras Hipatía se esfuerza por cambiar el paradigma con que la ciencia de su tiempo concibe el universo, los cristianos luchan por contrarestar el balance del poder. Roma ordena que los cristianos entren a la biblioteca para vengar la lapidación de muchos fieles en una emboscada, que a su vez era la represalia por una masacre perpetrada por la legión cristiana en la misma ágora. En el fondo, la lucha era una batalla por el poder, originada en la opresión de la aristocracia Alejandrina, un pulso de clases que desembocó en el primer incendio de la biblioteca más importante de la antigüedad. 

En esa biblioteca Euclides construyó la geometría que aún usamos para los asuntos banales; Apolonio de Pérgamo agotó todo lo que se puede decir de la hipérbole, la parábola y la elipse; Herón de Alejandría construyó los primeros juguetes mecánicos y escribió el primer tratado sobre autómatas; Claudio Ptolomeo propuso el sistema geocéntrico e inventó la astrología; Erastótenes calculó la circunferencia de la Tierra; Aristarco de Samos propuso el sistema heliocéntrico; Herófilo de Calcedonia afirmó que era el cerebro y no el corazón el responsable del pensamiento; Dionisio y Aristarco de Tracia inventaron los signos de puntuación; fue ahí que 72 sabios curaron y tradujeron lo que hoy llamamos la Biblia. La biblioteca no solo es un almacén de conocimiento, es una fábrica del mismo.

El saber, sin embargo, no es la cura de la codicia ni de la sed de poder. Los cristianos fanáticos, auspiciados desde Roma, saquearon la biblioteca y luego pidieron la cabeza de la única mujer no sometida a ningún hombre, con antecedentes de bruja y contraria a la religión verdadera. La ficción de Amenábar introduce un romance imposible entre Davo, el criado manumitido, y la filósofa, para darle un final menos cruel a la pensadora más importante de su época. 

Amenábar ha dicho que fue Carl Sagan quien revivió la memoria de Hipatía para su generación, y relacionó su muerte con la destrucción de la Biblioteca de Alejandría, muy poco referenciada en los libros de historia: la que perpetraron los fanáticos cristianos en el siglo V. Los movimientos de cámara evocan el movimiento de los planetas que obsesionaba a la filósofa.